Los orígenes de la Cofradía son inciertos, siendo la referencia escrita mas antigua un Real Decreto de Felipe V, de fecha 17 de Marzo de 1.737, que obra en la Biblioteca de la Diputación Provincial de Valencia, en el que se estableció y confirmó los Capítulos por los que se regiría el Gremio de Sastres, Roperos y Calceteros de Alzira, haciendo mención a la procesión del Viernes Santo y quienes debían ser los portadores del “Pendón o Bandera” del Huerto.

En 1995 el Archivero Municipal, Don Aureliano Lairón Pla, al transcribir los estatutos de los oficios de sombrereros y zapateros (1761) y de los tintoreros y cordoneros (1770), de la Villa de Alzira proporciona la noticia mas antigua que se conserva en el archivo alzireño de la existencia del Paso de la Oración en el Huerto. En el capítulo 31 de las ordenanzas nuevamente establecidas por el oficio de sombrereros y zapateros de la villa de Alzira, se establece:

       “…que siempre y quando viniese a este oficio la Ynsignia del Santo Huerto en la procesión del Viernes Santo, que los dos maestros más antiguos tengan obligación de llevar los pendones, baxo la pena que le pereciese al clavario conveniente, aplicada a gastos de este oficio,”

Y en el capítulo 12 de las ordenanzas que deberán observar el gremio de tintoreros y cordoneros que se intenta crear en la villa de Alzira:

     “Y assimismo en la procesión del Viernes Santo, siempre y quando este gremio concordase con los demás de esta villa el asistir a dicha procesión, devan los mismos dos maestros mas modernos llevar o arrastrar los pendones de la custodia o ynsignia del Huerto, y los maestros de tabla las achas del gremio, poniéndose en el lugar que les toque.”

Así pues se constata, desde principios del siglo XVIII, la existencia del paso procesional de la Oración en el Huerto vinculado con los distintos gremios de la localidad, y esta Cofradía, al igual que algunas otras, se encontraban integradas dentro de los actos de la Semana Santa en la antigua Cofradía de la “Preciosísima Sangre de Nuestro Señor Jesucristo”.

En el siglo XIX con la desaparición del sistema gremial, la Cofradía quedó vinculada a los labradores y hortelanos  de la partida municipal de Vilella, a la que se fueron agregando agricultores de otras zonas, los cuales procesionaron el paso hasta su destrucción al inicio de la Guerra Civil española.

El paso, las insignias y toda la documentación de la Cofradía fue destruida por las llamas (al igual que la práctica totalidad de los pasos de la Semana Santa de Alzira) los días 12 y 13 de mayo de 1936.